Bioinformatik und Systembiologie

Veranstalter

Hochschule Mannheim

Veranstaltungsort

Hochschule Mannheim
Paul-Wittsack-Straße 10
68163 Mannheim

Online

Teilnahmevoraussetzungen

keine Teilnahmevoraussetzungen

Empfohlene Vorkenntnisse:
Grundlegende Kenntnisse zu XML & Datenbanken sowie Programmierkenntnisse (Java, R, MATLAB) sind von Vorteil.

Inhalte

• Einführung in COMBINE Standards für systembiologische Modelle, Visualisierungen, Annotationen und Experimente & FAIR Modellprinzipien
• Vorstellung und Erprobung verfügbarer online-Ressourcen für reproduzierbare Simulationsstudien
• Praktischer Anteil / Projektarbeit: Erstellen einer reproduzierbaren, nachvollziehbaren Simulationsstudie (kann bis zu 2 SWS werden)
• Einführung in Sequenzierungsdaten: Umgang und Analyse von Sequenzierungsdaten
•  Einführung in Datenbanken zur Nutzung von Sequenzierungsanalysen

Ablauf

Der Erwerb des Lernstoffes erfolgt im Selbststudium mit Hilfe der bereitgestellten digitalen Lernmaterialien und der Bearbeitung anwendungsorientierter Lernaufgaben. Zur Diskussion, Vertiefung und Reflektion der Lerninhalte und -prozesse finden wöchentliche Video-Konferenzen statt. Die modulbegleitende Kommunikation und Interaktion erfolgt asynchron in Webforen. Zur eigenen Lernerfolgskontrolle werden wöchentliche Self-Assessments bereitgestellt. Dieser Kurs wird tutoriell betreut.

Lernziele

Die Teilnehmer*innen

• kennen die wichtigsten Standards zur Repräsentation systembiologischer Modelle.
• können für einfache Beispiele das Erstellen und Publizieren einer FAIRen, standardisierten und reproduzierbaren Simulationsstudie skizzieren.
• wissen, wie sie Modelle auf die Reproduzierbarkeit der in den Papern beschriebenen Ergebnisse testen, und kennen die jeweiligen Mindestanforderungen.
• können Modelle für Reaktionsnetzwerke basierend auf Ratengleichungen definieren
• können die Modellgleichungen und deren Parameter interpretieren
• kennen Konzepte der numerischen Optimierung und Unsicherheitsanalysen
• können mit etablierten Softwaretools Modelle an Daten fitten und Unsicherheitsanalysen durchführen
• können ein einfaches Simulationsmodell in eine standardisierte graphische Notation überführen (SBGN).
• erhalten eine Einführung und Übersicht zu Analysen von Sequenzierungsdaten.
• kennen wichtige Datenbanken für die funktionelle Analyse von Sequenzierungsdaten

Lehr- / Lernformat

Online

Abschluss

Hochschulzertifikat

Zeitaufwand

125 Stunden
Kursdauer: 6 Wochen

Creditpoints (ECTS)

5

Sprache

Deutsch

Kosten

Kosten für Hochschulzertifikate und Zertifikatsprogramme:
Die Gebühren für die Teilnahme an unseren Weiterbildungsangeboten und den Erwerb von Hochschulzertifikaten betragen

• für einen Einzelkurs 1080,- Euro,
• für eine Kurskombination CAS (Certificate of Advanced Studies) 1980,- Euro,
• für eine Kurskombination DAS (Diploma of Advanced Studies) 5940,- Euro.

Prof. Dr. Dr. Melanie Börries
Lehrstuhl für Medizinische Bioinformatik und Institutsdirektorin am Institut für Medizinische Bioinformatik und Systemmedizin an der Medizinischen Fakultät und dem Universitätsklinikum Freiburg, Universität Freiburg, Zertifikatskurs Bioinformatik und Systembiologie

Dr. Patrick Metzger
Teamleiter Bioinformatik für das Molekulare Tumorboard am Universitätsklinikum Freiburg, Universität Freiburg, Zertifikatskurs Bioinformatik und Systembiologie